Список инструментов

  • COGcollator
    Этот веб-сервис создан для анализа эволюционных отношений между далекими семействами белков, описываемых Кластерами Ортологичных Групп (КОГами).
    Ссылки:
    [Предыдущая версия]
    Загрузки:
    [Скачать все профили HMM КОГов] 4870 профилей HMM
    Связанные публикации:
    • Dibrova D.V., Rykov S.Y. (2024) COGcollator 2.0: an improved web server for analysis of distant relationships between homologous protein families. Bioinformatics of Genome Regulation and Structure/Systems Biology (BGRS/SB-2024), Fourteenth International Multiconference. Abstracts. August 5–10, 2024, Novosibirsk, Russia: P. 60–62. [DOI: 10.18699/bgrs2024-1.1-16]
    • Dibrova D.V., Konovalov K.A., Perekhvatov V.V., Skulachev K.V., Mulkidjanian A.Y. (2017) COGcollator: A web service for analysis of distant relationships between homologous protein families. Biology Direct 12(29). [DOI: 10.1186/s13062-017-0198-x]
  • DomainAnalyser
    Данный инструмент обеспечивает поиск белковых доменов, представленных в виде профилей HMM в базе данных Pfam и созданной нами базе данных профилей HMM для Кластеров Ортологичных Групп (КОГов). Поиск проводится с помощью hmmscan из программного пакета HMMer версии 3.3. Поиск может осуществляться для набора белковых последовательностей. В ходе поиска происходит фильтрация перекрывающихся доменов, причем пользователь может контролировать параметры этого процесса. Результаты поиска могут быть скачаны как в графическом, так и в текстовом виде.
    Ссылки:
    [Предыдущая версия]
    Связанные публикации: отсутствуют.
  • Alnalyser
    Этот инструмент направлен на облегчение выполнения ежедневных биоинформатических задач в области анализа множественных выравниваний и построения филогенетических деревьев. Он предоставляет графический интерфейс, написанный на Python3/Tkinter, который позволяет работать с несколькими проектами, основными содержательными данными для которых является множественное выравнивание белков, а также хранить дополнительную информацию о нем (например, находки профилей HMM, и предсказания трансмембранных элементов). Он также позволяет удалять плохо выровненные или аномально короткие последовательности в полуавтоматическом режиме. Наконец, в инструмент встроен конвертер форматов имен последовательностей.
    Ссылки:
    [GitHub]
    [Инструкция]
    Связанные публикации: отсутствуют.
  • COGNAT
    COGNAT представляет собой инструмент для сравнительного анализа геномных окружений. Веб-сервис предоставляет общую информацию о геномном окружении белков, относящихся к тому или иному КОГу или домену Pfam в репрезентативной выборке 711 прокариотических геномов, а локальная версия программы позволяет анализировать любой произвольный набор белков. Локальная версия программы доступна в виде исходного кода на С++.
    Ссылки:
    [Десктоп-версия на GitHub]
    [Сайт инструмента]
    Связанные публикации:
    • Klimchuk O.I., Konovalov K.A., Perekhvatov V.V., Skulachev K.V., Dibrova D.V., Mulkidjanian A.Y. (2017) COGNAT: A web service for comparative analysis of genomic neighborhoods. Biology Direct 12(26). [DOI: 10.1186/s13062-017-0196-z]
  • NyanTranslate
    Инструмент для облегчения "упорядоченного" перевода древнекитайской классики. Автор: Станислав Юрьевич Рыков (https://iphras.ru/rykov.htm)
    Ссылки: отсутствуют.
    Связанные публикации: отсутствуют.